Tras la conclusión de Hakuouki, Chizuru Yukimura y el Shinsengumi se ven obligados a huir de Kioto y poner rumbo a Edo. En ausencia de su comandante Isami Kondou, el vicecomandante Toshizou Hijikata se convierte en comandante en funciones. Sin embargo, Hijikata no sólo tiene que lidiar con las tareas de liderazgo adicionales -lo que preocupa a todos los que le rodean- sino también con una nueva e incontrolable sed de sangre. Para empeorar las cosas, el impulso no le afecta sólo a él, e incluso está empezando a volver locos a algunos de sus subordinados.

Finalmente, Kondou regresa con órdenes del emperador para defender el castillo, y un nuevo nombre para su escuadrón: el Kouyou Chinbutai. Pero en la guerra, el equilibrio de poder puede cambiar repentinamente y las lealtades pueden tambalearse. En Hakuouki Hekketsuroku, Chizuru sigue al Shinsengumi en el corazón de la guerra y continúa la búsqueda de su padre desaparecido, mientras el vínculo entre ella y Hijikata se hace cada vez más fuerte.