Shiki Granbell ahora es dueño del Edens Zero y ha reunido a las Cuatro Estrellas Brillantes. Con la ayuda de sus nuevos amigos, podrá atravesar Dragonfall, la frontera del Cosmos Sakura llena de dragones mecánicos. Una vez logrado, continuará buscando a la diosa madre.
Antes de que la tripulación del Edens Zero pueda seguir con su viaje, se da cuenta de que una misteriosa nave de guerra los sigue. Descubren que la nave, el Belial Gore, pertenece a Drakken Joe. Shiki y su equipo intentan infiltrarse en la nave para averiguar por qué el Alquimista Oscuro los persigue. En el proceso, los subordinados de Drakken toman al Edens Zero como rehén.
A pesar de la situación difícil, Shiki se niega a rendirse. Si quiere salir vivo del Belial Gore, tendrá que derrotar al Alquimista Oscuro con la ayuda de sus amigos.