Después de los acontecimientos de la serie Blue Dragon, Shu y Bouquet se unen a un grupo de resistencia para luchar contra el ejército de invasión del general Rogi. Encuentran a una misteriosa niña, Noi, que tiene el poder de revivir a la sombra de Shu, Blue Dragon, y la salvan de la persecución de un dragón rojo. Ahora Shu y su compañía tienen que emprender de nuevo un viaje para descubrir el propósito de los dragones, someterse a sus pruebas y detener la cadena de acontecimientos que amenaza el destino de la humanidad.