Bajo el cuidado de su familia adoptiva, Saya Otonashi ha estado viviendo como una persona amnésica, pero fuera de eso como una adolescente ordinaria. La vida feliz y pacífica de Saya se ve afectada para siempre cuando es atacada por un quiróptero (vampiro en el manga), un monstruo hematófago con apariencia de murciélago gigante que se alimenta de sangre humana; entonces ella se da cuenta que es la única persona capaz de derrotarlos. Tras esto y, tras la muerte de su padre adoptivo, Saya se marcha de la ciudad de Okinawa, en donde vive, para enfrentarse a la amenaza de los quirópteros alrededor del mundo. A Saya la acompañan sus dos hermanos, algunos amigos y su caballero Haji, en un viaje lleno de sorpresas que llevará a Saya a descubrir más sobre la naturaleza de los quirópteros y sobre su propio pasado, que se remonta hasta mediados del siglo XIX.