12.000 años después de los eventos en Génesis Aquarion, los humanos viven en la estrella Vega bajo la constante amenaza de seres transdimensionales llamados Abductores. Estos enemigos se originan en la estrella hermana de Vega, Altair, y atacan a Vega en busca de vida humana. Como contramedida, se formó una organización conocida como Neo-DEAVA para combatir a los Secuestradores. Pilotan trajes de mecha avanzados llamados Aquaria y están estrictamente separados por género. No se permite el contacto a niños y niñas; incluso se les impide luchar en el mismo campo de batalla. Sin embargo, los eventos toman un giro impactante cuando un mecha traje de secuestrador avanzado se une a la refriega. Dos adolescentes, Mikono y Amata, se ven arrastrados al conflicto. Sin saberlo, Amata realiza un tabú cuando convoca un Acuario e inicializa lo que se llama la Unión Prohibida entre Acuarios masculinos y femeninos.