Rin y Yukio Okumura son dos hermanos gemelos que tienen 15 años de edad. Tuvieron una infancia algo peculiar porque fueron criados en una iglesia por un hombre, Shiro Fujimoto, que era exorcista. Un día, toda su vida cambia radicalmente cuando Rin descubre que tanto él como su hermano son hijos de Satanás y el demonio pretende llevarles con él al infierno. Sin embargo, algo sale mal y su maestro y padre, Shiro, muere.

Tras este suceso, Rin desenvaina una espada que tiene poderes sobrenaturales y, sin saber muy bien cómo, adquiere todas las características y poderes de los demonios. Rin rechaza estos poderes ya que ansía convertirse en exorcista como su padre, así que ingresa en la Academia Cruz, un lugar que se dedica a proteger a los humanos de los demonios. Así, Rin inicia un largo viaje con su hermano Yukio para convertirse en un exorcista y poder derrotar a Satanás.