Los desastres naturales han devastado el planeta Zi, acabando con casi toda la vida. Mil años después, los humanos han restablecido gradualmente la civilización, rescatando antiguos Zoids mediante el buceo y la minería. En una aldea cuyo objeto más anterior es una espada gigante que adoran como símbolo sagrado. Un adolescente descubre un antiguo Zoid de tipo Liger mientras realiza una operación de salvamento en aguas profundas. De repente, la aldea es atacada por esqueléticos Bio-Zoides que pretenden robar un poderoso generador situado en la aldea. Nuestro héroe adolescente despierta al Liger y descubre que la espada sagrada del pueblo es el arma del Liger, y juntos luchan contra los misteriosos Bio-Zoides. Al menos por ahora...