Mientras las tensiones entre el mundo de la magia y Ciudad Academia siguen aumentando, Touma Kamijou y su mano de la negación deben enfrentarse tanto a los esper como a los magos para proteger las vidas de los que le rodean. Por supuesto, no está solo en su lucha; ya sea a su lado o fuera de la vista, aliados y enemigos tanto antiguos como nuevos entrarán en la refriega para ayudarle. Toaru Majutsu no Index II continúa la historia de acción y comedia, mientras la escala de la batalla de Touma y sus aliados crece cada vez más. Un conflicto se está gestando lentamente en el horizonte, y la magia y la ciencia se cruzarán una vez más en la guerra que se avecina