'Naruto Shippuden' se trata de la segunda parte del anime 'Naruto' cuando Naruto regresa a La Aldea Oculta de la hoja (Konoha), tras haber estado dos años y media entrenando con uno de los tres legendarios ninja: Jiraiya. Se reecontrará con sus viejos amigos y se darán cuenta de que ahora son unos ninjas aún más poderosos de los que eran antes. Mientras tanto, los Akatsuki empiezan a juntar a todos los demonios (Biju) empezando por el Shukaku de Gaara de la Aldea Oculta de la Arena. Por otra parte, Sasuke huyó de la Aldea Oculta de la Hoja para poder matar a su hermano Itachi Uchiha, aliándose con Orochimaru. Ahora, Naruto irá tras Sasuke para hacer entrar en razón y que vuelva a la Aldea Oculta de la Hoja con él y sus amigos además de luchar contra la amenaza de los Akatsuki, que entre sus miembros y los que tendrán que luchar se encuentran Itachi Uchiha, Deidara, Pain o Tobi.