La Historia gira alrededor de Medaka Kurokami, Chica Perfecta, de perfecto físico, perfecto carácter, perfectas notas. Y Zenkichi Hitoyoshi, amigo de la infancia de Medaka. Al asumir Medaka el puesto de presidenta del consejo estudiantil, esta ábrela medida de la "Caja de sugerencias" con el fin de ayudar a todos los estudiantes en cualquier cosa, aunque sea imposible. Con el tiempo, Medaka y su consejo estudiantil se verán inmersos en una conspiración de siglos atrás, Batallas contra estudiantes sobrehumanos y sus Anormalidades. Todo sea por mantener la paz de la Academia Hakoniwa.