Mary es una niña común que vive en la casa de campo de su tía abuela Charlotte, en un lugar donde nunca ocurre nada. Un día, la pequeña sigue a un misterioso gato hasta el bosque, donde encuentra un viejo palo de escoba y una extraña flor, que parece florecer solo cada siete años. Estos dos elementos transportarán a Mary hasta la escuela de magia Endor College, situada encima de las nubes y dirigida por Madam Mumblechook y el brillante Doctor Dee. Aunque no todo será tan estupendo como prometía, pues en el colegio ocurren cosas terribles y, tras mentir, Mary deberá poner en peligro su vida para que todo vaya bien.