El equipo de baloncesto de la Secundaria Teikō se erigió como el mejor equipo de secundaria, logrando ganar el torneo durante tres años consecutivos. Sus integrantes, conocidos como la "Generación de los Milagros", son considerados prodigios en el deporte. Tras su graduación, cada miembro de este legendario equipo se dispersó en diferentes preparatorias que contaban con los mejores equipos de baloncesto del país. Sin embargo, pocos saben de la existencia de un jugador más en la Generación de los Milagros, el misterioso "sexto jugador fantasma". Este enigmático jugador ahora es estudiante de primer año en la Preparatoria Seirin, una escuela con un equipo de baloncesto poderoso pero poco conocido. Ahora, Tetsuya Kuroko, el sexto miembro de esta generación, y Taiga Kagami, un jugador de talento natural que pasó la mayor parte de la escuela secundaria en Estados Unidos, tienen como objetivo llevar a Seirin a la cima del baloncesto japonés, desafiando a sus antiguos compañeros de equipo en el camino.