La Academia Honnoji es un instituto que esconde mucho más de lo que parece. Los afortunados que consiguen estudiar aquí, son recompensados con unos uniformes especiales, llamados "uniformes ultima", que aumentan sus habilidades. Todos están catalogados en estrellas dependiendo de la cantidad de fibras vitales de forma que cuantas más tenga, más poderoso es. Ryuko Matoi es una joven que aparece con un uniforme fabricado 100% de fibras vitales y empuña una espada. Ryoku está segura de que Satsuki KiryÅ«in, la presidenta del consejo estudiantil, sabe quién mató a su padre y no parará hasta conseguir la respuesta. Pero para ello, antes deberá derrotar a todos los presidentes de los clubs para poder enfrentarse a ella.