Año 2115, la isla nación una vez conocida como Japón es ahora el "El Distrito de Administración de la 17ª Ciudad Imperial de Extremo Oriente". Los ciudadanos recibieron la promesa de una pacífica vida a cambio de algunas de las comodidades a las que estaban acostumbrados a disfrutar. Las personas creyeron que sus vidas no cambiarían y que el mañana sería igual que el presente. Ninguna de ellas sospechaba la desgracia que su sociedad estaba a punto de enfrentar. "Degradación", una extraña enfermedad que lleva a la completa desintegración del cuerpo humano hasta convertirlo en arena, se ha extendido lentamente pero sin pausa por todo el mundo. Tooru Kazasumi, un estudiante ordinario, se vera involucrado en una batalla multiuniversal entre este mundo y el mundo paralelo de "Frontier S (Stratos)".