La historia de Gatchaman Crowds se sitúa en Japón durante el verano de 2015. 180.000 personas viven en la ciudad de Tachikawa, la segunda gran metrópolis del área de Tokio. Entre sus habitantes se encuentran los Gatchaman, guerreros que visten trajes blindados cuya fuente de energía es el "Note", la manifestación de los poderes espirituales que residen en las criaturas vivas. En este contexto, un concilio se encarga de seleccionar a aquellas personas con poderes latentes para asignarles la misión de proteger la Tierra de criminales alienígenas, reclutando desde hace varios años a los guerreros Gatchaman para que hagan frente a una misteriosa entidad conocida como "Mess".