Full Metal Panic! The Second Raid sigue la historia de Sousuke Sagara, un soldado de élite conocido como Mithril, quien es asignado a proteger a Kaname Chidori, una estudiante de secundaria normal, pero que es considerada como La Joya de Amrita debido a su habilidad para controlar el poder de los Whispers. A medida que Sousuke continúa protegiendo a Kaname, se enfrenta a nuevos desafíos y enemigos mientras lucha para mantener su misión y su relación con Kaname en equilibrio. La serie combina acción emocionante, comedia y romance mientras los personajes enfrentan nuevos desafíos y descubren nuevos secretos sobre el mundo y el poder de los "Whispers".