Shirou Emiya, un mago aficionado, ha sido arrastrado a la Quinta Guerra del Santo Grial, una lucha a muerte entre siete magos y sus Sirvientes, familiares que son héroes famosos del pasado. Shirou está decidido a ganar la Guerra del Santo Grial para salvar al mundo y ser un héroe de la justicia, además de mantener a su amiga, Sakura Matou, a salvo de la guerra y a su hermano abusivo, Shinji Matou, con la ayuda de su sirviente, Saber, y su compañera de clase, Rin Tohsaka. En la guerra comienzan a suceder sucesos extraños y Sakura sufre una enfermedad misteriosa.