La historia de Escha consiste en un encantador cuento acerca de las aventuras cotidianas de una alquimista muy conocida por los fans de la serie Atelier, mientras que la historia de Logy supone una aproximación al juego desde una vertiente más oscura plena de elementos RPG tradicionales y centrada en la exploración del mundo. Dentro de este mundo, en el extremo occidental de la "tierra de la oscuridad ", hubo gente que prosperó gracias a su uso de la alquimia. Allí, con el fin de sobrevivir a la eventual llegada de la "Dusk End, " el pueblo dedico sus esfuerzos a redescubrir y recrear tecnologías alquímicas perdidas. Tecnología Redescubierta de la época pasada se reunio en la ciudad de investigación alquimia conocida como " Central", donde se llevó a cabo la investigación sobre la forma de detener el avance del crepúsculo. Uno de los héroes es un joven que investigó la alquimia en el centro , la otro una chica que vive en un pequeño pueblo en la frontera. El nombre de esta chica es Escha . En el proceso de utilizar su conocimiento de la antigua alquimia para ayudar a los demás , se le asignó al Departamento de Desarrollo . El nombre del joven es Logy . Habiendo aprendido las más novedosas técnicas alquímicas en Central, pidió el traslado a esta ciudad poco personal para hacer uso de sus habilidades, y se reúne con Escha cuando se asigna al Departamento de Desarrollo también. Los dos hacen una promesa de usar su alquimia juntos y traer el éxito al Departamento de Desarrollo.