El tiempo de la opresión y la anarquía en el espacio profundo ha comenzado. Para preservarse, la humanidad ha aceptado de mala gana la paz con la fuerza invasora de las personas mecánicas. Warrius Zero, un capitán de armada mercenario, ha perdido a su familia inmediata durante la guerra por la Tierra. Reducido a servir a los vencedores mecanizados, Zero lleva a cabo sus órdenes sin la voluntad de resistir. Ahora ha recibido una misión como ninguna otra. A Zero se le ha ordenado viajar a los confines más lejanos del universo para cazar a un solo hombre buscado conocido por todos como Space Pirate Harlock.