En la tierra de Terra, las catástrofes naturales de causa desconocida ocurren irregularmente en muchas partes del país. Por ello, la mayoría de las personas han llegado a vivir en ciudades móviles desarrolladas a lo largo de los años para escapar de las catástrofes naturales. Las piedras de origen con enorme energía, que quedan en los lugares de las catástrofes naturales, contribuyen al rápido progreso de la civilización, pero también provocan una enfermedad incurable: la enfermedad de los minerales. Dado que los cuerpos de los infectados se cristalizan gradualmente y se convierten en una nueva fuente de infección cuando mueren, están sometidos a un sistema de aislamiento, trabajo forzado y persecución en muchos países. Los oprimidos e infectados se rebelan, y la compañía farmacéutica Rhodes Island, que investiga una cura para la enfermedad, se levanta en armas para salvar a todos de la enfermedad y emprende su propio camino para conquistar el mundo.

Hace trece años, el Ejército Villano del Mal intentó invadir la Tierra, enfrentándose al escuadrón súper sentai conocido como los Guardianes del Dragón y sus poderosas armas, las Herramientas Divinas. Sin embargo, el malvado ejército fue derrotado en un año, con todos sus ejecutivos aniquilados. Los soldados de infantería supervivientes, casi inmortales, han sido obligados desde entonces a recrear su derrota ante los Guardianes frente a una multitud de espectadores todos los domingos. Cansado de esta farsa y al darse cuenta de que equivale a poco más que esclavitud, uno de los soldados de infantería se rebela y decide derrotar a los Guardianes del Dragón infiltrándose en la organización.

Kivotos nos sumerge en una ciudad académica gigantesca compuesta por miles de escuelas, donde las peleas entre estudiantes armados son algo común en la vida cotidiana. En medio de este caos, la escuela secundaria Abydos, cubierta de arena y al borde del cierre, se convierte en el escenario principal de esta historia.
Todo comienza cuando cinco estudiantes del "Comité de Trabajo", que luchan por encontrar una salida a la difícil situación de su escuela, se encuentran con un misterioso individuo llamado "Sensei". Este encuentro marca el inicio de una serie de eventos que cambiarán el destino de los estudiantes y de la propia escuela.