Yugi Muto y sus amigos están en su último año de escuela secundaria y están discutiendo sobre sus planes para el futuro. Mientras tanto, Seto Kaiba ha organizado una excavación para recuperar el Rompecabezas del Milenio, desmontado desde las ruinas de la Cámara del Milenio. El Rompecabezas había contenido el alma de su rival, Atem, a quien Seto espera revivir para desafiarlo a un duelo una vez más.

Muchos años después de las legendarias aventuras de Yugi Mutou, Domino City ha cambiado drásticamente, convirtiéndose en la ciudad de Neo Domino, una sombra de su antiguo esplendor. La desigualdad entre ricos y pobres ha crecido, y superar esa barrera parece casi imposible. En medio de este panorama, Neo Domino encuentra entretenimiento en un nuevo y audaz evento: los "Duelos en Moto", la versión más moderna del popular juego de cartas Duel Monsters. Yusei Fudou, un joven rebelde que vive al margen de la sociedad, sigue sus propias reglas. Su intención inicial de recuperar algo que le fue arrebatado por un viejo amigo pronto se convierte en una aventura mucho más grande de lo que él y sus compañeros, conocidos como los "Signos", podrían haber imaginado.

Kobayakawa Sena es un chico que siempre ha sido molestado por los matones en la escuela. Desde la primaria, siempre ha sido el "chico de los recados" y, con el tiempo, se ha vuelto muy rápido y eficiente. Un día, Youichi Hiruma y Ryukan Kurita, que están buscando un corredor para su equipo de fútbol americano (los Deimon Devil Bats), deciden que quieren a Sena en el equipo. Para mantener a su nuevo jugador estrella en secreto, Hiruma le da a Sena un casco con una visera oscura y lo llama Eyeshield #21.

La historia trata de un joven, el mayor asesino de la era Tokugawa hasta la Restauración Meiji, apodado Battousai. Este joven llamado Kenshin Himura, decide no volver a matar gente para poder pagar de alguna forma los asesinatos que cometió y decide proteger a las personas a su alrededor con la técnica más aterradora y poderosa que ha existido: el Hiten Mitsurugi Ryū, aprendida gracias al adiestramiento de su maestro Hiko Seijūrō, que lo acogió cuando era pequeño tras sobrevivir en el asesinato de la caravana de esclavos en que se encontraba donde tres hermanas lo adoptaron como hermano menor. Esta técnica, aunque mortal, permite un control perfecto de la fuerza que se aplica al ejecutar los movimientos y puede ser utilizada con la espada que Kenshin porta, con el filo invertido, desde el inicio de la Restauración.