La joven Mitsuha vive en un pequeño pueblo entre las montañas, donde la vida transcurre sin muchas sorpresas ni emociones. Con solo un par de amigos, su hermana pequeña, su abuela y su padre, con quien tiene una relación algo distante, la existencia de Mitsuha es bastante tranquila. La única emoción que despierta es la llegada del cometa Tiamat, que se acerca a la Tierra y será visible durante unos días.

Sin embargo, un día Mitsuha despierta y se sorprende al descubrir que no reconoce su propio cuerpo, creyendo inicialmente que se trata de un extraño sueño. Pero pronto se da cuenta de que está dentro del cuerpo de un chico llamado Taki, un estudiante de bachillerato que vive en la bulliciosa ciudad de Tokio. Sorprendentemente, también Taki experimenta el mismo fenómeno, intercambiando cuerpos con Mitsuha. A medida que se enfrentan a los desafíos de vivir en cuerpos extraños, los dos jóvenes comienzan a comunicarse torpemente y a forjar un vínculo cada vez más fuerte, que eventualmente se convierte en algo más que una simple conexión. Sin embargo, desconocen que algo inesperado está a punto de ser revelado.