Kimi vive en un complejo de viviendas de bajo coste situado en la ciudad costera de Kurosaki, donde los problemas parecen seguirla allá donde va, y comienzan a producirse incidentes horribles ¿acecha un antiguo mal a los residentes del complejo de viviendas C?

Después de los eventos en FLCL: Alternativa, la gente retoma su vida cotidiana. Mientras tanto, dos adolescentes desilusionados esperan que algo rompa con la monotonía y cambie sus vidas.

Kirie, una estudiante de instituto, decide dejar su ciudad natal con la esperanza de escapar de la maldición de las espirales que ha causado estragos en su vida y en la de quienes la rodean. Pero, ¿será capaz de liberarse realmente de esta maldición? Su viaje está lleno de incertidumbre, y mientras intenta alejarse del origen del horror, deberá enfrentarse a los misterios y peligros que la siguen acechando. ¿Podrá Kirie romper el ciclo o estará destinada a ser atrapada por el poder inquietante de las espirales?