Misato y su grupo rebelde, Wille, arriban a una París teñida de rojo debido al proceso de coreización. A bordo del Wunder, la tripulación se posiciona sobre una torre de contención, enfrentándose a una misión crítica con solo 720 segundos para revertir la coreización y restaurar la ciudad. Mientras están en esta carrera contra el tiempo, una horda de Evas controlados por NERV aparece repentinamente. Mari, al mando de la Unidad 8, un Eva mejorado, se ve obligada a interceptar a estos enemigos para proteger la operación. Mientras tanto, Shinji, Asuka y Rei se encuentran vagando por Japón, cada uno lidiando con sus propios conflictos internos y externos.