Hyper Police se produce en un periodo post-apocalíptico. Criaturas de leyenda han reaparecido y ahora intentan actuar como humanos normales. Las fuerzas de la policía han aceptado la ayuda de cazarrecompensas privados. Los Departamentos de Policía compiten por las recompensas ofrecidas por capturar a los criminales más buscados. A pocos humanos les gustan estas bestias, y raramente interfieren. Esta es la historia de una Comisaría de Policía que contrata a muchas bestias como oficiales. No hace falta decir, que a los policías habituales no les gusta la competencia. La policía MAD, son policías normales de Shinjiku. Sólo tienen en sus filas a seres humanos.

La joven Mitsuha vive en un pequeño pueblecito entre las montañas. Sin muchas sorpresas ni demasiadas emociones, la adolescente tiene un par de amigos, además de a su hermana pequeña, su abuela y su padre, con el que tiene una relación algo distante. La única expectación un poco emocionante es el cometa Tiamat, que está pasando cerca de la Tierra y por unos días será visible a simple vista. Pero un día despierta y descubre con asombro que no reconoce su cuerpo, y piensa que se trata de un extraño sueño. Pero no es así: se encuentra dentro del cuerpo de un chico, concretamente de Taki, un joven estudiante de bachillerato de la gran ciudad de Tokio. A Taki le sucederá lo mismo, y es Mitsuha la que se intercambia con él. Metidos dentro de un cuerpo que les resulta tan extraño, poco a poco, los dos jóvenes empiezan a comunicarse y, torpemente, van superando los retos que se presentan en ambas vidas. De esta forma, el vínculo que tienen se convierte en algo más. Lo que no saben es que algo inesperado está a punto de ser revelado.