La historia tiene lugar en un futuro próximo y describe a una joven que vive en una institución que cría niños para vender sus órganos en el mercado negro de trasplantes. Esta niña, que se había bautizado a sí misma como "Ray" porque los números (075 - 1 - 74) que llevaba en la espalda para identificar a los niños eran iguales a cero al restarlos, ya que Rei es la palabra japonesa para cero[1]. Tras perder sus ojos originales, fue rescatada y equipada con un par de nuevos ojos de rayos X por el médico clandestino Black Jack y fue adoptada por un cirujano llamado Dr. Kasugano. Cuando recuperó la vista, le dijeron que ahora podía vivir su vida como quisiera. Diez años después, Ray ha retomado la profesión de su madre y se ha convertido en una cirujana muy conocida y respetada por sus habilidades únicas y su gran destreza. Tras empezar a trabajar en un hospital poco habitual, Ray se enfrenta a casos extraños que requieren sus habilidades especiales; desde un peligroso patógeno que le obliga a operar bajo el agua hasta una niña aparentemente poseída por una entidad maligna. En la segunda mitad de la serie empieza a descubrir detalles sobre la organización que le quitó los ojos y el paradero de los otros niños con los que se crió, y la trama aborda cuestiones bioéticas como la donación de órganos, la clonación humana e incluso la reencarnación. Al igual que su homóloga Black Jack, la serie favorece los elementos de ciencia-ficción en lugar del realismo, con casos que a menudo se asemejan a condiciones médicas reales pero con elementos fantásticos añadidos para aumentar el drama.

Es el Siglo Universal 0153. En las colonias espaciales ubicadas en el Lado 2, el Imperio Zanscare ha llegado al poder y se aferra a ese poder mediante el uso liberal de la guillotina. Con sus fuerzas invadiendo la Tierra y sus flotas espaciales preparándose para subyugar a los otros lados, el Imperio Zanscare no tiene nada que temer de la debilitada Federación de la Tierra. Solo se opone a la Liga Militar, cuyos trajes móviles de última generación y jóvenes pilotos constituyen el único movimiento de resistencia real. Ahora, Uso Evin, de trece años, ha sido arrastrado a la guerra por una batalla cerca de su hogar en Europa del Este. Como piloto Newtype del Victory Gundam, lucha no solo para derrotar al Imperio Zanscare, sino también para descubrir qué ha sido de sus padres, quienes lo dejaron atrás cuando fueron al espacio.

La nueva serie volverá a centrarse en Corticarte, pero enlazará con la adaptación de la novela ligera Shinkyoku Sōkai Polyphonica crimson S de Ichiro Sakaki y Noboru Kannatsuki, que se ambienta en los años de la Academia del argumento.

Los seres humanos dependen de los milagros de las hadas, mientras que las hadas que se han materializado en este mundo sobreviven de la música que tocan los humanos. Los poderes de las hadas están dirigidos por dantistas, que tocan música especial y son ampliamente respetados. La mayoría de las hadas no suelen aparecer, pero algunas tienen el poder suficiente para materializarse en formas de seres humanos o animales para pasar su tiempo viviendo en paz junto con la humanidad. Esta es una historia del amor en ciernes entre Conticarte y un nuevo dantista, Phoron, que reside en Polyphonica, un continente donde las personas y las hadas conviven en armonía.