Los hermanos medio demonio Towa y Setsuna siempre estuvieron juntos, viviendo felices en el Japón feudal. Sin embargo, su felicidad se ve truncada cuando un incendio forestal los separa y Towa es enviada a través de un portal al Japón moderno. Allí, es encontrada por Souta Higurashi, quien la adopta como su hija después de que Towa no puede regresar a su época.

Diez años más tarde, Towa, ahora con 14 años, es una estudiante bastante adaptada, aunque con frecuencia se mete en peleas. No obstante, su vida da un giro inesperado cuando tres visitantes del Japón feudal llegan a su puerta: Moroha, una cazadora de recompensas; Setsuna, una cazadora de demonios y la hermana gemela perdida de Towa; y Mistress Three-Eyes, un demonio en busca de un objeto místico. Trabajando juntas, las chicas logran vencer a su enemigo, pero Towa se horroriza al descubrir que Setsuna no tiene ningún recuerdo de ella. Hanyou no Yashahime: Sengoku Otogizoushi narra la aventura de estas tres chicas mientras intentan recuperar la memoria de Setsuna y desentrañar la verdad sobre sus destinos conectados.