La vida de Kimihiro Watanuki nunca fue realmente normal. Pero además de su habilidad para ver espíritus, esta secuela de xxxHOLiC le encuentra todavía trabajando como un esclavo para Yuuko, la extraña dueña de una extraña tienda, que prometió librarle de esta habilidad. Sin embargo, esta mujer de otro mundo sólo puede hacerlo cuando él ha trabajado lo suficiente para ganarse su deseo. Así es como cualquiera que entre en la tienda verá concedida su petición: hay que pagar una compensación igual a su deseo.

En esta extraña tienda a caballo entre el mundo de los vivos y el de los muertos, Watanuki se encuentra realizando tareas domésticas para la aparentemente perezosa Yuuko y sus compañeras, al tiempo que ayuda a los clientes. Junto con sus compañeros de clase, su supuesta rival romántica Shizuka Doumeki y su enamorada Himawari Kunogi, Watanuki se enfrenta a las muchas desgracias que rodean a los clientes de Yuuko, así como a las que le siguen de cerca a él y a sus amigos.