En el año 2005, veintiún años después de que los Autobots y los Decepticons reanudaran su interminable guerra en la Tierra, los Decepticons han logrado conquistar su planeta natal, Cybertron. Tras un devastador ataque sorpresa, ambas facciones se enfrentan en una terrible batalla en Ciudad Autobot. En medio del caos, el líder Autobot, Optimus Prime, muere en combate contra el líder Decepticon, Megatron. La Matriz de Liderazgo Autobot pasa entonces a Ultra Magnus, el segundo al mando.

Mientras tanto, un debilitado Megatron es arrojado al espacio profundo por Starscream, donde se encuentra con el titán devorador de planetas, Unicron. Renace como Galvatron, el nuevo líder Decepticon, bajo la influencia de Unicron. Con el reinado de Galvatron en aumento y la inminente llegada de Unicron a la órbita de Cybertron, los Autobots se ven obligados a actuar rápidamente para proteger la Matriz o enfrentarse a la aniquilación total.