Han pasado dos años desde la incursión del CCG en Anteiku. Aunque el ambiente en Tokio ha cambiado drásticamente debido al aumento de la influencia del CCG, los ghouls siguen siendo un problema, ya que han empezado a tomar precauciones, especialmente la organización terrorista Árbol Aogiri, que reconoce la creciente amenaza del CCG a su existencia.

La creación de un equipo especial, conocido como el Escuadrón Quinx, puede proporcionar al CCG el empujón que necesita para exterminar a los residentes no deseados de Tokio. Como humanos que se han sometido a una cirugía para poder utilizar las habilidades especiales de los ghouls, participan en operaciones para erradicar a las peligrosas criaturas. El líder de este grupo, Haise Sasaki, es un medio ghoul, medio humano que ha sido entrenado por el famoso investigador de clase especial, Kishou Arima. Sin embargo, este joven es más de lo que parece, ya que unos recuerdos desconocidos le arañan la mente, recordándole poco a poco la persona que solía ser.