Después de muchas dificultades en su vida, Chise Hatori terminó en una subasta, donde fue comprada y luego liberada por el renombrado hechicero de las espinas, Elias Ainsworth, para quedarse y convertirse en su aprendiz. Aunque ahora su vida es maravillosa, la llegada de un libro ilustrado, "La estrellita solitaria", le trae recuerdos de aquellos tiempos difíciles y de la soledad que soportó.

De niña, Chise vivió una gran tragedia: la muerte de su madre. Rechazada y no deseada por compañeros y familiares, ha vivido una vida desapegada y lamentable. Sin embargo, el inesperado descubrimiento de una misteriosa biblioteca en el bosque le proporciona un lugar de consuelo temporal. A través de la lectura de innumerables libros y del tiempo que pasa con la amable bibliotecaria, Chise empieza a sentirse poco a poco menos sola en el mundo. Pero, ¿podría esta peculiar biblioteca tener un lado más oscuro?