A pesar de la derrota de Quinella -el pontífice de la Iglesia del Axioma-, las cosas no parecen calmarse todavía. Al ponerse en contacto con el mundo real, Kazuto "Kirito" Kirigaya descubre que la Tortuga Oceánica -un megaflotador controlado por Rath- ha sido asaltada. Debido a un repentino cortocircuito provocado por los asaltantes, la luz del fluido de Kirito queda dañada, dejándolo en coma. Sintiéndose insegura por la gente de la Iglesia del Axioma, Alice lleva al inconsciente Kirito de vuelta a su pueblo natal, la aldea de Rulid, haciendo caso omiso de su destierro debido a un crimen no resuelto. Ahora, Alice vive una vida ordinaria y pacífica cerca de la aldea, deseando que Kirito despierte.

Sin embargo, la tragedia llega cuando Alice se da cuenta de que el Territorio Oscuro ya ha empezado a invadir el Imperio Humano. Reasumiendo su anterior alias, Alice Síntesis Treinta, promete derrotar al Territorio Oscuro para defender el mundo que Kirito y Eugeo se esforzaron tanto en proteger.