El Traductor de Almas es una interfaz de última generación que interactúa con el Fluctlight del usuario -el equivalente tecnológico del alma humana- y difiere fundamentalmente del método ortodoxo de envío de señales al cerebro. El instituto privado Rath pretende perfeccionar su creación recurriendo a la ayuda de Kazuto Kirigaya, superviviente de Sword Art Online. Éste trabaja allí como empleado a tiempo parcial para probar las capacidades del sistema en el Inframundo: el reino fantástico generado por el Traductor de Almas. Según el contrato de confidencialidad, todos los recuerdos creados por la máquina en el mundo virtual se borran al volver al mundo real. Kazuto sólo puede recordar vagamente un único nombre, Alice, que provoca una sensación de malestar cuando se menciona en la realidad.

Cuando Kazuto acompaña a Asuna Yuuki a su casa una noche, se encuentran por casualidad con un enemigo conocido. Kazuto resulta herido de muerte en la pelea que sigue y pierde el conocimiento. Cuando vuelve en sí, descubre que se ha sumergido por completo en el inframundo sin que parezca haber forma de escapar. Emprende una búsqueda para volver al mundo físico.