La historia comienza en un tranquilo pueblo de Kyushu, en el suroeste de Japón. Allí, Suzume conoce a un joven que le dice que está buscando una puerta. Suzume encuentra una puerta vieja en unas ruinas, aparentemente protegida de cualquier desastre. Atraída por la puerta, Suzume la abre y, de repente, se abren puertas por todo Japón, destruyendo todo a su paso. Suzume debe cerrar estos portales para evitar más desastres.