Sonny Boy se centra en 36 chicos y chicas. El 16 de agosto, a mitad de unas vacaciones de verano aparentemente interminables, un estudiante de tercer año de la escuela secundaria llamado Nagara, es transportado junto a sus compañeros de clase Nozomi, Mizuho y Asakaze a una escuela a la deriva en una dimensión alternativa. Allí deben sobrevivir con los superpoderes que han despertado en su interior.