Shy ha madurado un poco tras enfrentarse a los 'Amalareik,' liderados por el enigmático Stigma. Al regresar a Japón, conoce a Ai Tennouji, una chica que ha huido de su aldea ninja. Ai le revela a Shy que abandonó su hogar para seguir a un miembro de los 'Amalareik.' Poco después, Tokio es envuelta repentinamente en una esfera negra y desaparece. Los héroes son movilizados para salvar la ciudad.