La segunda etapa de la batalla real conocida como el Plan Sekirei está en marcha. Shintou Teito ha sido cerrado; ningún Sekirei o Ashikabi puede salir. Minato Sahashi y su harén de Sekirei deben ahora prepararse para librar nuevas batallas a medida que se introducen cambios en las reglas. Sin embargo, no todos los grupos volverán a la batalla: algunas Sekirei son muy queridas por sus compañeras Ashikabi, que prefieren perder el premio a verlas perecer.

En medio de la acción, alguien cercano a Minato puede estar más involucrado de lo que había imaginado, y las amenazas acechan en cada esquina. Incluso hay rumores de que los "Números Únicos", el tipo más poderoso de Sekirei, han entrado en la contienda. A los ojos del "Maestro del Juego" Minaka Hiroto, todo marcha según lo previsto.