Después de que su madre gane un viaje gratis a las islas, el entrenador Pokemon Satoshi y su compañero Pikachu se dirigen a la Isla Melemele de la hermosa región de Alola, que está llena de un montón de nuevos Pokemon e incluso variaciones de caras conocidas. Ansiosos por explorar la isla, Satoshi y Pikachu corren como locos por la emoción, perdiéndose rápidamente mientras persiguen a un Pokemon. La pareja acaba tropezando con la Escuela Pokemon, una institución a la que acuden los estudiantes para aprender más sobre estas fascinantes criaturas.

En la escuela, cuando él y una de las estudiantes, la sensata Kaki, tienen un encontronazo con los nefastos matones del Equipo Skull, Satoshi descubre el abrumador poder de los Movimientos Z, poderosos ataques originarios de la región de Alola que requieren que el entrenador y el Pokemon estén sincronizados. Más tarde, esa misma noche, él y Pikachu tienen un encuentro con el Pokemon guardián de la Isla Melemele, el misterioso Kapu Kokeko. El Pokemon de la leyenda les otorga un Anillo Z, una herramienta necesaria para utilizar los Movimientos Z. Deslumbrados por su anterior batalla y ahora en posesión de un Anillo Z, Satoshi y Pikachu deciden quedarse en la Región de Alola para aprender y dominar la fuerza de estos nuevos y poderosos ataques.

Al inscribirse en la Escuela Pokemon, Satoshi se encuentra con compañeros de clase como Lillie, que ama a los Pokemon pero no se atreve a tocarlos, Kaki y muchos otros. Entre la asistencia a las clases, la defensa del molesto Equipo Rocket -que ha llegado a Alola para allanar el camino de los planes futuros de su organización- y el Desafío de la Isla, necesario para dominar los Movimientos Z, Satoshi y Pikachu se enfrentan a una nueva y emocionante aventura.