"Parasyte" se centra en la vida de Shinichi Izumi, un estudiante de 17 años que reside en Yokohama, Japón, junto a su padre. Todo cambia cuando unas extrañas criaturas, parecidas a gusanos, aparecen en la Tierra y comienzan a apoderarse del cerebro de las personas, infectándolas al entrar por sus oídos o narices.

Shinichi tiene la suerte de evitar ser infectado cuando una de estas criaturas intenta entrar por su nariz, ya que se despierta a tiempo. Sin embargo, la criatura se introduce en su cuerpo a través de su mano. A pesar de esto, Shinichi conserva su personalidad e inteligencia, manteniendo al parásito alejado de su cerebro. A medida que se enfrenta a otros humanos infectados, Shinichi y el parásito desarrollan un vínculo fuerte, trabajando juntos para sobrevivir y luchar contra otros parásitos cuya dieta principal son los humanos.