La acérrima otaku Kirino Kousaka ha regresado y se ha instalado de nuevo en la vida de Japón con sus amigos y su familia. A pesar de lo que su hermano mayor, Kyousuke, ha hecho por ella, Kirino sigue dándole la espalda, para su frustración. A él le preocupa que su persuasión para que Kirino abandone su entrenamiento de atletismo en Estados Unidos y regrese a casa pueda haber tensado gravemente su relación con ella. Además, Kyousuke tiene que descifrar un audaz y críptico mensaje de Ruri "Kuroneko" Gokou, su compañera de clase y amiga de Kirino.

A medida que los lazos entre los dos hermanos y sus amigos se hacen más profundos, Kirino y Kyousuke pronto tendrán que averiguar cómo quieren manejar estas relaciones, ayudándose mutuamente a darse cuenta de sus propios sentimientos en el proceso. A pesar de ello, Kirino sigue encontrando tiempo para satisfacer sus necesidades otaku con la compañía de su hermano.