En el año 2041, la Tercera Guerra Mundial ha acabado con dos tercios de la población humana, y en la nueva estructura, la creencia en cualquier dios o entidad más allá de lo humano se considera una noción absurda. Para evitar que los ciudadanos tengan pensamientos posiblemente incriminatorios, el gobierno ha reunido una división de aplicación de armas especiales para capturar y rehabilitar a dichos creyentes.

A los hermanos Kirihara, Naoya y Naoto -que fueron ocultados de la sociedad por sus captores durante años para ocultar sus habilidades psíquicas- se les prometió la libertad una vez que el mundo estuviera preparado para afrontar su existencia. Ahora, vagando en el nuevo y espantoso clima social en el que los psíquicos no son bienvenidos, los hermanos se encuentran huyendo de los devotos agentes de la Aplicación, Yuuya y Takuya Kuroki.