Rokujou Miharu es un estudiante de secundaria que parece vivir en su propio mundo, alejado de todo. Pero lo que él no sabe es que dentro de él se esconde un poder único y peligroso: la «Omnipotencia», un arma legendaria que muchos desean controlar. El clan Iga, un grupo de ninjas, está dispuesto a hacer lo que sea para secuestrar a Miharu y apoderarse de ese poder.
Sin embargo, Miharu no está solo. Su profesor de inglés, Kumohira sensei, y su compañero de clase, Kouichi, pertenecen al clan Banten, un grupo de ninjas que tiene como misión protegerlo. Así, comienza una guerra secreta entre estos clanes por el control de la «Omnipotencia». Para sobrevivir, Miharu no tendrá más remedio que adentrarse en el oscuro y misterioso mundo de Nabari, donde deberá aprender a dominar su poder y, tal vez, convertirse en su rey.