Estar rodeada de chicas guapas con ropa bonita es todo lo que desea Eruna Ichinomiya. Como el instituto Mikagura tiene los uniformes más bonitos, decide inscribirse en este prestigioso instituto conocido por sus clubes culturales.

Sin embargo, no se da cuenta de que unirse a un club es obligatorio, y los representantes de cada club deben luchar por una clasificación. En función de esta clasificación, los miembros del club reciben alojamiento y comida. Persiguiendo a Seisa Mikagura, la chica más guapa de la escuela, Eruna se une al club de la casa, pero se ve abocada a luchar en la siguiente batalla del club. Con los otros representantes del club, que tienen poderes únicos, la competición será muy dura.

Basada en la popular serie de canciones, Mikagura Gakuen Kumikyoku sigue a Eruna mientras explora los distintos clubes de la escuela y ayuda a los miembros con sus problemáticas vidas, todos los cuales también compiten por el primer puesto de la escuela.