Tras la derrota de Myouri Unzen a manos de Medaka Kurokami y su Consejo Estudiantil, la paz ha vuelto a la Academia Hakoniwa, al menos durante un tiempo. Pronto, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune y Mogana Kikaijima se ven envueltos en otro siniestro plan, conocido como el "Plan Frasco", dirigido por el propio director de la escuela.

Sin embargo, el primer problema del consejo es enfrentarse a todo un nuevo grupo de estudiantes sobrehumanos que se hacen llamar el "Partido de los Trece", liderado por el egoísta pero poderoso Oudo Miyakonojou. Con el misterioso Plan Flask, la tiranía de Oudo y el resurgimiento de un viejo enemigo, el estado de la Academia Hakoniwa dista mucho de ser tranquilo, y Medaka y sus compañeros tienen las manos llenas mientras las cosas se vuelven mucho más anormales.