Después de que los Little Busters perdieran su primer partido de béisbol, el equipo decide hacer una fiesta de panqueques. Ha pasado casi un semestre desde el regreso de Kyousuke Natsume. Como siempre, Riki Naoe sigue ayudando a los miembros de los Little Busters -tanto a los antiguos como a los nuevos- a enfrentarse a sus luchas internas. Sin embargo, comienzan a ocurrir extraños sucesos que llevan a Rin Natsume y a Riki a desentrañar la verdad que se esconde tras el "secreto de este mundo".

Lo que Rin y Rikki no saben es que su descubrimiento acabará cambiando la pacífica vida cotidiana creada por los Little Busters de una vez por todas. Little Busters!: Refrain pone fin a las coloridas historias de su elenco, forjadas con el peso de las emociones y reforzadas con el vínculo de la amistad, a medida que van aceptando sus arrepentimientos y debilidades.