Es el año 1999. Morioh, un pueblo normalmente tranquilo y pacífico, se ha convertido recientemente en un hervidero de actividad extraña. Joutarou Kuujou, ahora biólogo marino, se dirige a la misteriosa ciudad para conocer a Jousuke Higashikata. Aunque los dos pueden parecer extraños al principio, Jousuke es en realidad el hijo ilegítimo del abuelo de Joutarou, Joseph Joestar. Cuando se conocen, Joutarou se da cuenta de que puede tener más en común con Jousuke que un simple parentesco.

Junto con el apacible Kouichi Hirose y el bullicioso Okuyasu Nijimura, el grupo se dedica a investigar las recientes desapariciones y otros sucesos sospechosos en Morioh. Ayudados por el poder de Stands, los cuatro hombres se encontrarán con el peligro en cada esquina, ya que depende de ellos desentrañar los secretos de la ciudad, antes de que ocurra otro.