Después de su trabajo en Yorknew, Leorio y Kurapika investigan rumores sobre un chico con ojos rojos, pensando que podría ser un sobreviviente del Clan Kurta. Kurapika espera encontrar a otro miembro del clan, pero termina perdiendo sus ojos tras ser atacado por alguien que parece su amigo de la infancia.


Leorio cuida de Kurapika y envía a Gon y Killua para recuperar sus ojos. Su búsqueda los enfrenta al grupo de ladrones conocido como Phantom Troupe, responsables de la masacre del Clan Kurta por sus ojos escarlata.


Hunter x Hunter: Phantom Rouge sigue a los chicos en su misión para recuperar los ojos de Kurapika y atrapar al ladrón, llevándolos a descubrir más sobre el pasado de Phantom Troupe. En su camino, se encuentran con una misteriosa chica que parece estar conectada con todo.