Debido a las malas elecciones de estilo de vida, el cuerpo de un determinado ser humano está en constante agitación. Con la abundancia de gérmenes, bacterias y sustancias extrañas, el trabajo de varias células se vuelve cada vez más difícil y peligroso. Como algunos de los desafortunados que han madurado en este entorno caótico, Sekkekkyuu AA2153 y Hakkekkyuu U-1196 se esfuerzan por cumplir con sus deberes, aunque eso signifique ver cómo muchos de sus compañeros pierden la vida en el cumplimiento de su deber.

Ambientada en un entorno muy diferente al de su historia principal, Hataraku Saibou Black retrata las luchas de las células mientras intentan mantener la salud del cuerpo. Sin embargo, el estado del ser humano sigue deteriorándose, y el que estos esfuerzos lleguen a algo concreto depende de las células.