YÅ«ma Kohinata es un estudiante de secundaria que va a la sección regular de la Academia Mizuhosaka. Sus amigos más cercanos son Jun Watarase y Hachisuke Takamizo. En la misma escuela, hay otra sección llamada "sección de magia", donde los estudiantes aprenden a usar magia.


Un día, después del Día de San Valentín, ocurre una explosión de gas en la sección de magia. Debido a esto, todos los estudiantes que están aprendiendo magia tienen que cambiarse temporalmente a la sección normal. Entre ellos están dos chicas, Haruhi Kamisaka y Anri Hiiragi, quienes ahora están en la misma clase de YÅ«ma.


Haruhi y sus compañeros deberán adaptarse a su nueva situación mientras están en la sección regular de la escuela. ¿Cómo será esta convivencia entre estudiantes normales y aquellos que dominan la magia?