Nacida de un capullo en el pueblo de Old Home, una joven Haibane -un ser con halo y pequeñas alas grises- despierta en un mundo que no comprende sin recuerdos de su pasado. Llamada Rakka por el sueño de caída que tuvo mientras estaba dentro del capullo, pronto se acostumbra a la vida en el extraño pueblo. Sin embargo, hay reglas estrictas para los Haibane, como la prohibición de salir del pueblo o acercarse a las murallas que lo rodean. Esto, junto con las misteriosas desapariciones de su especie en el "Día de la Huida", empieza a inquietar a Rakka y a los demás, ya que no saben casi nada de su propia especie.

Haibane Renmei no sólo cuenta la historia de Rakka, sino también la de los que la rodean, que viven sus vidas sin recuerdos del pasado mientras intentan liberarse de su antiguo dolor y, finalmente, encontrar la salvación.